Người khai sáng Tông này là Thiền sư Văn Yển hoằng dương Tông phong riêng một phái tại Quang Thái Thiền viện ở núi Vân Môn Thiều Châu nay thuộc phía Bắc huyện Nhũ Nguyên, tỉnh Quảng Đông, do đó mà đời sau mới gọi là Tông này là Vân Môn Tông.

Văn Yển (864-949) quê ở Gia Hưng Tô Châu. Sau khi xuất gia, sư tham phỏng khắp các Thiền sư như Động Nhã, Sơ Sơn, Tảo Sơn, Thiên Đồng, Quy Tông, Càn Phong, Quán Khê, cuối cùng đến Tào Khê lễ bái tháp Lục Tổ, tiếp là đến chỗ Linh Thọ Như Mẫn ở Phúc Châu, được Như Mẫn khí trọng. Sau sư kế thừa pháp tịch của Như Mẫn. Đến đời Trùng Hiển (980-1052) người Toại Châu, thì Tông phong Vân Môn đại chấn, xưng hiệu là Trung Hưng.

Tông Vân Môn phát hưng ở thời Ngũ Đại, đến đời Tống thì vô cùng long thạnh, và dần dà suy vi Nam Tống. Thời Tống mạt tuy có Viên Thông, Thiện Vương, Sơn Tế hoằng dương, pháp tịch xương thạnh lại, nhưng đến đầu nhà Nguyên thì pháp hệ tiệt diệt, không còn cách nào khảo hạch được. Tông Vân Môn này, pháp mạch chỉ truyền được 200 năm.

Vân Môn Yển vẽ hình cái bánh ở vách, người đời nói rằng: “Bánh Vân Môn, trà Triệu Châu”, vì thế kiểu chung bảng của Vân Môn là hình tròn. Câu chữ là “Viên mãn báo thân”.